Bien que Kenshin lui ai dit de rester à Tokyo, Kaoru décide d'aller malgré tout à Kyoto, accompagné de Yahiko. Elle veut en fait pouvoir le ramener à Tokyo une fois la mission de Kenshin terminée. Sano, lui, entreprend un autre chemin et s'entraine pour devenir plus fort, sa défaite contre Saito l'ayant beaucoup perturbé.
Megumi, restée seule à Tokyo, rencontre alors Aoshi. Ce dernier apprendra par Saito ou se trouve Kenshin et décide d'aller lui aussi à Kyoto pour se venger...Or, Shishio veut que Aoshi soit allié avec lui. Aoshi refuse mais accepte d'aller voir Shishio...


Tandis qu'il traverse la foret [ pour ne pas causer d'ennuis à autrui au cas ou il rencontrerait les hommes de Shishio ] Kenshin fait la connaissance de Makimachi Misao, une jeune ninja de 16 ans. Il apprendra par la suite qu'elle est à la recherche des membres d'Oniwabanshu, et tout particulièrement d'Aoshi...Kenshin, ne voulant pas lui causer d'ennuis essaie de la semer mais en vain, la jeune fille veut vraiment retrouver ses amis. Misao raconte alors qu'elle a été recueillie par Aoshi et les autres mais qu'ils l'ont laissées à Kyoto pour aller combattre.

Peu après, ils découvrent un homme, gravement blessé. Avant de mourrir, il leur demande alors de protéger son petit frère Eiji et son village des mains de Shishio...

En entrant dans le village, ils découvrent alors, horifiés les parents de Eiji, pendus en plein milieu du village. Arrivent alors les hommes de Shishio, sous les ordres de Senkaku [ un subalterne de Shishio ]. Kenshin et Misao vont commencer à se battre. Soudain apparait Saito, qui vient aider Kenshin. Ces derniers, accompagnés de Misao et Eiji vont aller jusqu'à la résidence de Shishio.

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