Tokyo Arc:
L'histoire se passe en l'an 11 de l'Ere Meiji. Ancien assassin du nom de Battosai durant l'Ere d'Edo, Himura Kenshin s'est maintenant interdit de tuer et porte désormais un sabre à lame inversée [ sakabato ].

Tandis qu'il sillone la ville de Tokyo, il se fait littéralement agressé par Kamiya Kaoru, maitre adjoint de l'école de kenjutsu Kamiya Kasshin. Celle-ci était en fait à la recherche d'un tueur qui se fait passer pour le fameux Hitokiri Battosai et comettant des crimes sous le nom de l'établissement de Kaoru. Apprenant cette rumeur, tous les élèves de Kaoru durent quitter l'établissement.
Voyant Kenshin avec son sabre malgré l'interdiction du port d'armes, elle pense alors avoir rencontré le faux Battosai. Finalement, Kenshin va l'aider à résoudre cette affaire et Kaoru lui proposa alors de rester au dojo avec elle.


Plus tard, Kenshin va sauver un jeune garcon du nom de Myojin Yahiko ,descendant d'une famille de Samurais des mains des Yakuzas. Yahiko va alors devenir le seul disciple de Kaoru.

Or, Kaoru et Kenshin découvrent alors que le faux Battosai avait été un ancien élève de l'école Kamiya Kasshin et qu'il projette, lui et son frère de prendre l'établissement. Les frères, engagèrent alors un homme du nom de Sagara Sanosuke [ sanza ] pour qu'il tue Kenshin. Mais Kenshin va battre Sanosuke et réussi alors à le convaincre de reprendre le droit chemin. A partir de ce jour, Sano restera alors un bon ami avec Kenshin et les autres.


Peu de temps après, un mystérieux tueur du nom de Udo fait son apparition. Il est capable d'hypnotiser ses adversaires avant de les tuer. Ce fut le premier à réveiller l'assassin qui dormait en Kenshin, mais grace à Kaoru, Kenshin va finir par redevenir lui-meme et ne pas tuer Jinne. Celui ci finira alors par se suicider...


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